基因家族鉴定分析操作手册：

基因家族 基因家族鉴定

基因家族鉴定分析总结

1.下载基因组信息文件，gff，cds，pep，fasta文件：

Ensembl下载地址：http://plants.ensembl.org/index.html 下载方法可参考：http://www.omicsclass.com/article/58

phytozome（JGI）下载地址：https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html 下载方法可以参考：http://www.omicsclass.com/article/50

NCBI官网下载：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 下载方法可参考：http://www.omicsclass.com/article/497

2.hmmer鉴定基因家族（拟南芥WRKY基因家族为例）：

2.1 hmmer 搜索鉴定基因家族

如何知道自己要研究的基因家族的pfam号：http://www.omicsclass.com/question/268

WRKY基因家族：Pfam 隐马尔科夫模型下载：http://pfam.xfam.org/family/PF03106

HSP20基因家族：Pfam 隐马尔科夫模型下载：http://pfam.xfam.org/family/PF00011

Hmmer软件官方说明文档：http://eddylab.org/software/hmmer/Userguide.pdf

Hmmsearch 搜索结果说明：http://www.omicsclass.com/article/499

2.2 手动确认结构域；

SMART：http://www.omicsclass.com/article/681

NCBI CDD：http://www.omicsclass.com/article/310

pfam：http://pfam.xfam.org/

蛋白分子量分析：ExPASy (http://web.expasy.org/protparam/)

2.3. blast鉴定基因家族分析

（适用于研究基因家族没有PFam号的情况）（可选分析，根据自己基因家族特点是否选择）

Blastall使用参数详细说明：http://www.omicsclass.com/article/504

Blast m8格式输出结果说明：http://www.omicsclass.com/article/505

3.进化树分析

3.1 基因蛋白结构域构建进化树

3.2 基因蛋白全长构建进化树

Evolview进化树美化：http://www.omicsclass.com/article/671

attachments-2019-02-RbUXm4HJ5c661bede4e37.jpg

ITOL进化树美化：https://itol.embl.de/

itol编辑进化树枝颜色（分组）： http://www.omicsclass.com/article/448 ； 查看node id： http://www.omicsclass.com/article/433；

添加背景颜色：http://www.omicsclass.com/article/343

4.MEME 搜索基因motif分析

Motif序列信息查看：http://www.omicsclass.com/article/432

获取motif图片：http://www.omicsclass.com/article/67

5.基因结构分析，外显子内含子等

GSDS网址：http://gsds.cbi.pku.edu.cn/

GSDS绘图参考：http://www.omicsclass.com/article/63

6.基因结构+进化树+motif绘图

TBtools绘图参考：http://www.omicsclass.com/article/382

基因定位到染色体

MapGene2Chrom web v2绘图：http://mg2c.iask.in/

Mapchart绘图参考：http://www.omicsclass.com/article/397

8.mcscanX共线性分析

1.1 基因组内共线性分析

基因组内共线性分析参考：http://www.omicsclass.com/article/275

提取基因家族串联重复脚本：http://www.omicsclass.com/article/399

2.2 基因组间共线性分析

物种之间共线性分析参考：http://www.omicsclass.com/article/284

这部分已经安装成功：

安装python版本的MCScanX：https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version)

sudo /biosoft/miniconda/miniconda2/bin/pip install jcvi

sudo /biosoft/miniconda/miniconda2/bin/pip install scipy

9.结合转录组分析

1.GEO数据库：

数据下载：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE121407

绘制热图在线工具：http://www.heatmapper.ca/

meV工具绘制热图：http://www.omicsclass.com/article/263 ；修改颜色：http://www.omicsclass.com/article/437

2.SRA高通量二代测序数据，数据库下载数据方法，需要做转录组分析：

http://www.omicsclass.com/article/53

10.基因顺势作用原件分析

Plant CARE 地址：http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/，这个网站的优点就是很多文章使用，可以引用

PLACE：https://sogo.dna.affrc.go.jp/cgi-bin/sogo.cgi?sid=&lang=en&pj=640&action=page&page=newplace 它的优点是每次可以输入20条序列，出结果的速度也比Plant CARE 快。

提取顺势作用原件，可利用GSDS绘图

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